Die spätere Emily Thorne wurde unter ihrem richtigen Namen Amanda Clarke am 11. Juni 1984 in Mooreville, Indiana (USA), als Tochter von David Clarke und seiner Ehefrau Kara Wallace geboren. Ihre Mutter hatte jedoch psychische Probleme. Als Amanda etwa fünf Jahre alt war, versuchte ihre Mutter sie sogar zu ertränken. Doch ihr Vater konnte sie gerade noch retten. Er ließ darauf im Jahre 1989 ihre Mutter in das Angel of Mercy Hospital einweisen. Um seine Tochter zu schützen erzählte er ihr, daß die Mutter krank gewesen und gestorben sei.
Um ein neues Leben mit seiner Tochter anzufangen zog ihr Vater bald darauf in das Strandhaus in den Hamptons. Die junge Amanda (später "Emily") verbringt dort eine glückliche Kindheit. Am Strand lernt sie die Nachbarsjungen
Jack Porter kennen und es entwickelt sich eine Freundschaft zwischen den beiden, einmal spielen sie sogar "Hochzeit" miteinander. Zu ihrem neunten Geburstag bekommt sie ihren Hund Sammy geschenkt. Doch über ihrer glücklichen Kinderzeit beginnen dunkle Wolken aufzuziehen. Ihr Vater arbeitet zu dieser Zeit bei der internationalen Firma Grayson Global. Auf einem Neujahrsempfang 1991 lernt er Victoria Grayson kennen, die Frau des Vorstandsvorsitzenden Conrad Grayson. Zwischen beiden entwickelt sich eine Liebesaffäre. Victoria trägt sich sogar mit dem Gedanken Conrad wegen David zu verlassen. Conrad ist unterdessen in krimminelle Machenschaften einer Organisation namens Americon Initiative verwickelt. Dort versuchen reiche Geschäftsleute vom Unglück anderer Menschen zu profitieren. Conrad wäscht für diese Organisation illegale Gelder. Im Juni 1993 verübt diese Organisation einen Bombenanschlag auf Flug 197, bei dem 247 Menschen sterben. Bald werden die Verbindungen zu Grayson Global offensichtlich. Um seine eigene Beteiligung zu vertuschen und den Rivalen aus dem Weg zu räumen schiebt Conrad die Schuld auf David Clarke. Der wird in einer dramatischen Aktion im Ende August 1993 in seinem Strandhaus im Beisein seiner Tochter verhaftet. Dieses Erlebnis wird seiner schreienden und weinenden Tochter für immer traumatisch in Erinnerung bleiben. Auch Jack Porter wird Zeuge dieser Aktion. Amanda vertraut ihm ihren Hund Sammy an. Für beide endet auf diese Weise ihre Kindheit.
Victoria Grayson verrät während dieser dramatischen Zeit ihren Geliebten, weil sie sich selbst, ihren Sohn Daniel sowie ihre Tochter Charlotte schützen möchte, die etwa zu dieser Zeit geboren wird. Niemand ahnt, daß diese in Wirklichkeit ein Kind von David und somit Halbschwester der jungen Aamanda ist. Diese wird bald darauf auf Betreiben von Victoria Grayson durch die Psychologin Michelle Banks in ein Jugendheim eingewiesen und darf ihren Vater nicht wiedersehen. Ihr Vater wird schließlich in einem aufsehenerregenden Prozeß aufgrund falscher Beweise und Zeugenaussagen zu langjähriger Haft verurteilt. Viele Firmenangehörige von Grayson Global werden hierbei durch Conrad massiv so beeinflußt, daß sie falsche Aussagen gegen David machen.
Die junge Amanda kommt derweil in wechselnde Pflegeheime, wird auch mißhandelt. Sie landet schließlich bei Meredith Hayword, die für Geld ein Pfelgeheim für Kinder betreibt. Amanda lernt dort unter anderen Nathan Anderson, Christina Miller und Eli James kennen. Die Pflegemutter behandelt ihre Pflegekinder äußerst schlecht, sperrt sie oft ein. Amanda und Eli freunden sich an und betrachten sich sogar als eine Art "Geschwister", die einander beschützen wollen. Eines Tages zündet Amanda aus Verzweiflung ein Foto ihre Vaters an und wirft es in den Paierkorb, der in Flammen aufgeht. Sie bekommt nicht mit, daß das Feuer später wieder ausgeht. Eli zündet es jedoch wieder an. Amanda sollte an Adoptiveltern vermittelt werden. Eli wollte jedoch nicht, daß sie beide getrennt werden und schiebt deshalb die Schuld für den Brand auf Emily. Die wird jedoch nun für fünf Jahre in ein Jugendgefängnis gesandt.Im Alter von dreizehn Jahren kommt Amanda in das berüchtigte Jugendgefängnis Allenwood, ein Hochsicherheitsgefängnis. Es wird geleitet von Gefängnisdirektorin Sharon Stiles. Sie lernt dort ihre Mitgefangene Emily Thorne kennen. Zunächst streiten und prügeln sich die beiden Mädchen aufs heftigste. Doch Gefängnisdirektorin Stiles gibt Amanda den Tipp, cleverer zu sein. Die freundet sich daraufhin mit ihrer Mitinsassin an, weil dies für sie nützlicher ist.Im Jahr 2002 naht schließlich der Tag von Amandas Entlassung. Zum Abschied schenkt sie ihrer Mitgefangenen eine Kette als Zeichen ihrer Freundschaft und verspricht ihr zurückzukommen und sie eines Tages aus dem Gefängnis abzuholen. Tief gerührt umarmt Emily (später "Amanda Clarke") sie und bezeichnet sie als "Schwester". Die ist überrascht von soviel echter Symphatie und Zuneigung.Direktor Stiles, die Amanda helfen möchte, gibt ihr die Telefonnummer von Satoshi Takeda. Dort könne sie Hilfe finden, falls sie Vergeltung wolle. Sie hofft jedoch, daß sie nicht diesen Weg gehen wird. Sharon Stiles hält auch weiterhin sämtliche Unterlagen über ihren Gefängnisaufenthalt unter Verschluß.Amanda wird an ihrem achzehnten Geburtstag aus dem Gefängnis entlassen. Vor dem Gefängnis fährt ein Auto heran. Heraus steigt Nolan Ross, ein guter Freund ihres Vaters. Der hat seinerzeit mit seiner Investiton Nolan zur Gründung seiner Firma NolCorp verholfen, einem erfolgreichen Computer- und Softwareunternehmen. Leider muß er ihr mitteilen, daß ihr Vater bei einem Gefänngisaufstand kurz vorher getötet worden sei. Er übergibt ihr eine von ihrem Vater geschnitzte Infinity Box, welche die Tagebücher ihres Vaters enthält. Auch teilt er ihr mit, daß sie aufgrund der Investition ihres Vaters nun Miteigentümerin seiner Firma sei und ein Millionenvermögen besitze. Amanda ist jedoch von der Schuld ihres Vaters überzeugt. Sie liest die Tagebücher zunächst nicht, ist zutiefst unglücklich und leidend. Sie trinkt viel und fängt oft Schlägereien. Vermutlich kommt es sogar zu einem Selbstmordversuch. Nolan läßt jedoch nicht locker und es gelingt ihm schließlich Amanda dazu zu bewegen, die Tagebücher ihres Vater zu lesen. Die erkennt schließlich die Unschuld ihres Vaters.

Sie will nun der Geschichte nachgehen. Am Silvesterabend 2002 findet bei den Graysons ein große Silvesterparty statt. Amanda schleicht sich heimlich als Bedienung ein und lernt selbst unerkannt ihre Gegner kennen. Sie trifft dort auch auf Roger Halsted, der ihr die Wahrheit über ihren Vater gesteht. Kurz darauf wird er ermordet aufgefunden. Amanda ist geschockt und nun endgültig von der Unschuld ihres Vaters überzeugt. Sie holt bald darauf Emily Thorne aus dem Jugendgefängnis ab. Sie bittet sie, mit ihr den Namen zu tauschen. Aus Amanda wird nun Emily Thorne. Aus der früheren Emily Thorne wird nun Amanda Clarke. Diese erhält auch eine größere Geldsumme. Die nunmehrige Emily Thorne beginnt ihre Ausbildung bei Takeda auf Rebun Island in Japan.
Im Jahre 2006 übernimmt die bereits ausgebildete Emily ein Mission für ihren Lehrmeister Takeda, bei der sie Aiden Mathis kennenlernt. Der ist auf der Suche nach seiner entführten Schwester Colleen Mathis. Dafür arbeitet er als Barkeeper in einer russsichen Bar in New York. Emily taucht dort ebenfalls auf und sucht Kontakt zu Dmitri Bladov, einem russischen Krimminellen. Der war einst für die Entführung von Colleen verantwortlich. Nach einem mißglückten Mordanschalg wird Aiden von Emily befreit. Am Ende stellen beide Bladov. Emily möchte von ihm Informationen. Bladov gibt zu, für die Entführung verantworlich zu sein. Doch er beleidigt Colleen und provoziert so Aiden. Der erschießt ihn darauf. Später bittet er Emily bei ihrem "Sensei" in die Schule aufgenommen zu werden, was auch stattfindet.
Emily und Aiden werden nun gemenisam auf Rebun Island ausgebildet. Zwischen beiden entwickelt sich eine Liebesbeziehung. Dann erfährt Aiden jedoch durch Takeda von einer neuen Spur zu seiner Schwester. Emily möchte ihm helfen und will heimlich mit ihm die Insel verlassen. Doch am vereinbarten Treffpunkt läßt er sie im Stich und fährt alleine. Stattdessen taucht Takeda auf und sagt Emily, daß ihr das ein Lehre sein solle. Gefühle und Emotionen würden sie nur von ihrem Pfad der Vergeltung abbringen. Emily ist ief verletzt und wird diese Geschichte Aiden lange nachtragen, sie verschließt sich.
Vieles über Emilys Zeit auf Rebun Island ist unbekannt. Es gibt jedoch eine englische Buchnovelle Schooled in Revenge und ein gleichnahmiges Kurzvideo. Sie zeigen, daß Emily nicht Takedas einzige Schülerin war. Er bildete dort auch andere junge Menschen auf dem Pfad der Vergeltung aus, so auch Ava Winters, die Protagonistin der Buchnovelle. Emily beginnt schließlich ihren eigenen Pfad der Vergeltung. Dazu legt sie sich eine komplette neue Identiät zu. Hierzu gehört ihre vermeintliche Abstammung von einem wohlhabenden amerikanische Ehepaar, daß bei einem Autounfall ums Leben gekommen sei. Sie selbst habe sich viel im Ausland aufgehalten und dort ihre akademsiche Bildung vervollständigt. Mit dieser neuen Identiät und ihrem neuen Namen "Emily Thorne" kehrt sie im Jahre 2011 in die Hamptons zurück und beginnt ihren Rachefeldzug.